基于局部茎搜索的RNA二级结构预测算法

RNA的二级结构预测是生物信息学中一个已经有30多年历史的经典问题,基于最小自由能模型(MFE)的优化算法是使用最为广泛的方法．但RNA结构中假结的存在使MFE问题理论上成为一个NP-hard问题,即使采用动态规划等优化算法也会面临时间复杂度高的困难,同时研究还发现,由于受RNA折叠动力学机制以及环境因素的影响,真实的RNA二级结构往往并不处于自由能最小状态．根据RNA折叠的特点,提出了一种启发式搜索算法来预测带假结的RNA二级结构．该算法以RNA的茎为基本单元,采用启发式搜索策略在茎的组合空间中搜索自由能最小并且出现频率最高的RNA二级结构,该算法不仅能显著降低搜索RNA二级结构的时间复杂度,还有助于弥补单纯依赖能量预测RNA二级结构的不足．在多种类型的RNA标准数据集上进行了检验,结果表明,该算法在预测的精度上优于目前国际上几个著名的RNA二级结构预测算法并且具有较高的运行效率．     

膜荚黄芪种子中2种几丁质酶的分离纯化及活性测定

运用传统的层析技术对膜荚黄芪种子中两种几丁质酶进行分离纯化,并对分离纯化中各个步骤得到的蛋白进行了活性研究.结果表明:(1)粗提液的硫酸铵沉淀经再生几丁质亲和柱和凝胶过滤层析Sephadex G-75得到几丁质酶A.(2)粗提液的硫酸铵沉淀经离子交换色谱DE-52、CM、凝胶过滤层析Sephadex G-75得到几丁质酶B.(3)几丁质酶A、B的比活性分别为35.6 U/mg和4.1 U/mg.(4)从膜荚黄芪种子中分离纯化的几丁质酶A和B均为糖蛋白,含糖量分别为6.1%和5.8%.(5) SDS-PAGE显示,几丁质酶A、B的分子量分别为35.5 ku、39.6 ku;凝胶过滤层析测定几丁质酶A、B的分子量分别为36.9 ku、40.8 ku;表明几丁质酶A、B均为单亚基蛋白.     

肿瘤血清标志物在乳腺癌诊断中的意义

目的:探讨血清标志物CEA、CA15-3、CA12-5、TPS和VEGF不同组合在乳腺癌诊断中的临床应用价值.方法:用ELISA法分别检测53例乳腺癌患者、50例乳腺良性肿瘤及50例正常女性血清CEA、CA15-3、CA12-5、TPS和VEGF水平.结果:乳腺癌患者血清5种标志物的水平均较良性疾病组及正常对照组高,差异有统计学意义.CEA、CA15-3、CA12-5、TPS和VEGF对乳腺癌诊断的阳性率分别为30.2%、26.4%、37.75%、56.6%、35.8%,各种组合检测中,TPS与CA15-3联合检测阳性率可达到71.7%.结论:血清标志物中TPS与CA15-3联合检测是筛查乳腺癌的较好的组合,可以互相弥补单一指标的不足,以互补的方式较为显著地提高乳腺癌的检出率.     

An extracellular poly (3-hydroxybutyrate) depolymerase from Penicillium sp. DS9713a-01

Summary Penicillium sp. DS9713a-01 was obtained by ultraviolet (u.v.) light mutagenesis from the Penicillium sp. DS9713a which can degrade poly (3-hydroxybutyrate) (PHB). The enzymatic activity of DS9713a-01 was 97% higher than that of the wild-type strain. The DS9713a-01 mutant could completely degrade PHB films in 5 days; however, the wild-type strain achieved only 61% at the same time. The extracellular PHB depolymerase was purified from the culture medium containing PHB as the sole carbon source by filtration, ammonium sulfate precipitation and chromatography on Sepharose CL-6B. The molecular weight of the PHB depolymerase was about 15.1kDa determined by SDS-polyacrylamide gel electrophoresis. The optimum activity of the PHB depolymerase was observed at pH 8.6 and 50 °C. The enzyme was stable at temperatures below 37 °C and in the pH range from 8.0 to 9.2. The activity of PHB depolymerase could be activated or inhibited by some metal ions. The apparent K _m value was 0.164 mg ml⁻¹. Mass spectrometric analysis of the water-soluble products after enzymatic degradation revealed that the primary product was the monomer, 3-hydroxybutyric acid.     

重要林业害虫--栗苞蚜(同翅目,根瘤蚜科)的形态特征及其危害

栗苞蚜Moritziella castaneivora Miyazaki,1966是近年来在我国发现的一种为害日本栗Castanea crenata和板栗C.mollissima的害虫,可造成植株落花落果.记述了栗苞蚜的形态特征、生物学特征、危害及其防治的初步研究.提供了形态特征图、形态照片和生物学照片.研究标本保存在中国科学院动物研究所动物标本馆.     

用Red/ET重组酶构建基因打靶载体

基因敲除的小鼠模型是研究基因功能的一种重要资源。采用常规分子克隆的方法建立基因敲除的打靶载体存在构建效率低和难以获得长片段同源臂的缺点。因此快速高效地构建打靶载体,已成为获得特定基因敲除动物模型的关键环节。为研究Resp18未知功能分泌肽基因,应用一种新的DNA工程平台——Red/ET同源重组技术来构建其打靶载体,并比较了这一方法在构建不同长度同源臂中的效率。研究表明,Red/ET重组方法构建打靶载体具有很高的效率,可以获得较长的同源臂,并且不会引入突变,有助于获得更高的打靶效率。因此Red/ET重组为构建打靶载体提供了一种新的可靠的方法。     

Adiponectin 基因剔除LacZ基因敲入小鼠模型的建立

adiponectin是脂肪细胞特异分泌的一种活性蛋白质,具有增加胰岛素敏感性、抗炎及抗动脉硬化等活性.建立adiponectin基因剔除β-半乳糖苷酶基因(LacZ)敲入小鼠模型,可为整体动物水平研究adiponectin基因功能及其表达调控机制等提供理想工具.根据生物信息学方法获得adiponectin基因组序列,设计基因剔除及敲入策略,在adiponectin基因第2和第3号外显子剔除的同时,在其ATG和信号肽序列后顺接LacZ基因完整编码序列,构建完成了Adipo-LacZ-XpPNT基因剔除质粒.通过电穿孔将打靶质粒转入ES细胞,以G418和ganciclovir进行药物筛选,获得药物抗性的ES细胞克隆,PCR和DNA印迹鉴定出正确同源重组克隆.将同源重组的ES细胞克隆注入小鼠囊胚得到嵌合体小鼠,嵌合体小鼠与C57BL/6J小鼠交配产生杂合子小鼠,杂合子间交配获得adiponectin基因剔除LacZ基因敲入纯合子小鼠.经RT-PCR、RNA印迹和ELISA检测证实纯合子小鼠脂肪和血清中adiponectin基因表达呈阴性.RT-PCR、RNA印迹及蛋白质印迹检测发现,LacZ基因在突变小鼠脂肪组织中有特异性表达,其表达谱与内源性adiponectin基因的表达谱一致.但在脂肪组织及外周血中未能检测到LacZ活性,且血清中LacZ蛋白亦呈阴性.由此成功建立了adiponectin基因完全灭活及LacZ基因以内源性adiponectin基因表达谱表达的小鼠模型,为进一步研究该基因功能及其表达调控创造了有利条件.     

一株纤溶酶高产菌株的发酵特性研究

筛选了一株产纤溶酶能力较强的芽孢细菌,本文对其液体发酵条件进行了优化,结果表明菌株产酶最佳条件为:可溶性淀粉4%,蛋白胨2%,柠檬酸铁铵0.1%,磷酸钙0.4%,接种量2%,pH 7.5,发酵时间96 h,装瓶量75/500(mL/mL),摇床温度37℃,转速150 rpm,在该条件下产酶酶活可达581.81 IU/mL。     

丁香脂素的全合成

本文以丁香醛为原料,经过与丙二酸Knoevenagel缩合,甲酯用LiAlH4还原得到了芥子醇。芥子醇在光照下氧化偶联,得到了丁香脂素。总产率为43.68%。     

SARS病毒受体ACE2的克隆、原核表达及其功能区鉴定

ACE2(angiotensin-converting enzyme 2,ACE2)是SARS冠状病毒(severe acute respiratory syndrome associatedcoronavirus,SARS-CoV)的主要受体。此研究旨在鉴定ACE2的SARS-CoV受体功能区,为进一步阐明SARS-CoV与细胞间的相互作用机制及研制抗病毒药物等提供理论依据。利用RT-PCR从Vero-E6细胞的mRNA中分两段扩增ACE2基因,其中N端片段ACE2A1-367(102~1 210nt)不包括ACE2的酶活性位点(1 223~1 237nt,或374~378aa),而C端片段ACE2B335-805(1 101~2 524nt)包括ACE2的酶活性位点。扩增片段克隆入pMD-18T,并进行测序鉴定。进一步构建与GST基因融合表达的原核表达质粒pGEX-ACE2A与pGEX-ACE2B,IPTG诱导表达。表达的融合蛋白分子量为65kD和77kD,主要以包涵体形式存在。Western blot证实表达产物具有免疫学活性。将纯化的包涵体蛋白质复性后进行Western blot分析,证实pGEX-ACE2A表达的蛋白(~65kD)能与SARS-CoV S1蛋白特异结合,而pGEX-ACE2B表达的蛋白(~77kD)不能与S1蛋白结合。结果表明,ACE2的受体活性与酶活性位点无关,受体功能区在ACE2 N端367个氨基酸内。